Postavenie kresťanov východného obradu v 17. storočí v Uhorsku nebolo vôbec jednoduché. Keďže neboli súčasťou oficiálnej Cirkvi v krajine (ani žiadneho reformačného prúdu), neboli výrazne podporovaní ani štátom, ani žiadnym mocným šľachticom.
Východní kňazi nepatrili do kňazského stavu a boli na úrovni poddaných. To znamená, že si nemohli vyberať desiatky, ale svoju obživu si museli zaobstarať sami. Celý deň pracovali na poli a na pastoračnú prácu im často neostal čas. Navyše, viacerým kňazom chýbalo potrebné vzdelanie na vykonávanie ich služby. Raný novovek je v cirkevných dejinách známy predovšetkým šíriacou sa reformáciou. I keď táto udalosť sa východných kresťanov výhradne nedotkla, našli sa aj medzi nimi individuálne osobnosti, ktoré chceli východný obrad pretvoriť v myšlienkach reformácie alebo to bolo na nátlak protestantských pánov.
Spomenuté (ale aj iné) udalosti mali negatívny vplyv na cirkevný život, ktorý výrazne upadal. Riešenie tejto situácie mnohí videli v úradnom zjednotení s Katolíckou cirkvou a ako príklad toho, že to môže fungovať, videli východných kresťanov v Poľsku, ktorí ešte v roku 1595 uzatvorili tzv. Brestskú úniu, čím sa opäť zjednotili s rímskym biskupom. Uhorským šľachtickým rodom, ktorý podobnú úniu chcel aj v Uhorsku, bol rod Drugetovcov. Dôvodom bolo, že ich panstvo bolo nábožensky rozmanité, čo komplikovalo vnútornú jednotu panstva. K prvému pokusu o uzatvorenie únie malo dôjsť na Turíce v roku 1614 v Krásnom Brode. Ale myšlienka spojenia sa s Katolíckou cirkvou sa nepáčila všetkým východným kresťanom. Báli sa, že prídu o svoj obrad a budú úplne latinizovaní. V deň, keď malo dôjsť k uzatvoreniu únie, došlo v Krásnom Brode k nepokojom a výtržníctvu, iniciovaným hlavne odporcami únie. Na mieste museli zasahovať vojaci, niektorí ľudia utiekli, iní boli evakuovaní. Akt uzatvorenia únie sa preto odložil.

Myšlienka únie sa však medzi cirkevnými predstaviteľmi držala ďalej, k jej veľkému oživeniu došlo až o viac ako tridsať rokov neskôr. No ešte predtým sa myšlienky únie mukačevskí biskupi stále držali. Duchovný život východných kresťanov v Uhorsku bola väčšinou riadený z monastierov, najvýznamnejších z nich bol monastier v Mukačeve. Predstavený daného kláštora mal postupom času najväčší vplyv na kresťanov východného obradu na našom území. Postupne sa tak vytvorila Mukačevská eparchia. Mukačevskí biskupi, ako bol napr. Ján Gregory alebo jeho nástupca Bazil Tarasovič, stále podporovali jednotu s Katolíckou cirkvou, druhý menovaný sa však preto dostal do problémov u kalvínskeho šľachtica Juraja Rákociho, na ktorého území takisto žili východní kresťania. No najväčšími propagátormi únie boli dvaja baziliáni – Gabriel Kosovický a Peter Parthénius, ktorí vykonávali medzi ľuďmi pastoračnú činnosť. Neskôr dokonca dostali od Drugetovcov misijný dom v Užhorode, čím sa vytvorilo nové centrum zjednocovacieho procesu. No aktívni boli aj katolíci, konkrétne jágerský biskup Jakušič, ktorý sa snažil zistiť, aké pomery vládnu medzi východnými kresťanmi, a povzbudzoval ich k vytvoreniu únie. Nakoniec to dospelo k tomu, že v Užhorode bolo dohodnuté stretnutie biskupa Jakušiča a východných kňazov, ktorí sa vyslovili za zjednotenie. Tu sa chceli opäť pokúsiť vytvoriť akt zjednotenia. Tentoraz sa však snažili byť pritom čo najdiskrétnejší, aby opäť nedošlo k protestom alebo nepokojom. 24. apríla 1646 šesťdesiattri východných kňazov v kaplnke na hrade Užhorod podpísalo dokument, ktorý pojednával o vzniku únie medzi východným a západným obradom v Uhorsku, ktorá dostala názov podľa miesta, kde vznikla – Užhorodská únia. V rámci nej sa východní kňazi zaviazali, že uznajú pápeža Inocenta X. za hlavu Cirkvi a že ho budú rešpektovať rovnako ako i jeho nástupcov. Veľa východných duchovných, ktorí chceli byť prítomní pri uzatvorení únie, sa do Užhorodu v daný deň nedostavilo. Išlo väčšinou o tých, ktorí pochádzali z panstva protestantských šľachticov Rákociovcov, pretože sa báli, že by upadli do nemilosti, keďže Rákociovci úniu nepodporovali. Sám pápež sa o vzniku únie dozvedel až v roku 1651.

Následne sa realizácia únie a jej výsledky začali šíriť aj v ďalších uhorských stoliciach a pridávalo sa k nej stále viac východných duchovných, i keď trvalo ďalších takmer sto rokov, kým bola únia väčšinou východných kresťanov akceptovaná. Zjednoteným východným kresťanom sa hovorilo buď v jednoduchosti zjednotení, alebo uniati – slovo gréckokatolíci vzniklo až za vlády Márie Terézie.
Zjednotení kresťania tak získali sľubované zlepšenie životnej úrovne aj duchovného života. Mali rovnaké práva ako rímskokatolícki, získali zákonnú ochranu od štátu. Zjednotení bohoslovci mali možnosť študovať na rímskokatolíckych seminároch, veriaci mohli častejšie pristupovať k sviatostiam. Mukačevská eparchia sa začala rozvíjať, zároveň zjednotení kresťania mali možnosť zachovať si svoju kultúru a tradície. Z pohľadu Rímskokatolíckej cirkvi išlo pri uzavretí únie hlavne o vrátenie sa k jednote bez kultúrnych konfliktov. Došlo k posilneniu katolicizmu v krajine a rozšíreniu vplyvu pápeža, a taktiež to bola jedna z foriem rekatolizácie, keďže sa takýmto spôsobom zvýšil počet katolíkov. Zároveň sa úniou znížilo riziko náboženských konfliktov.
Časom sa však vyformovalo veľa sporov medzi rímskokatolíckymi a zjednotenými biskupmi, pričom niektoré z nich sa dostali priamo pred panovníka. Išlo o vzájomné nepochopenie alebo príliš veľké rozdielnosti v obradoch. No aj o situácie, keď sa rímskokatolícki biskupi snažili presadiť väčší vplyv nad zjednotenými kresťanmi. Zároveň sa postupom času u zjednotených kresťanov objavovali stále väčšie sťažnosti, že do ich obradu sú pretláčané západné prvky, či už zvonka, alebo zvnútra.
Aj keď Užhorodská únia nebola prvým pokusom o prinavrátenie jednoty, je jednou z najúspešnejších a najdlhšie trvajúcich.