Mukačevskú eparchiu kánonicky zriadil pápež Klement XIV. 19. septembra 1771 apoštolskou konštitúciou Eximia Regalium Principum. Pápež Ján Pavol II. vo svojom liste z 18. apríla 1996 k 350. Výročiu Užhorodskej únie uviedol čo predchádzalo kánonickému zriadeniu eparchie: “Veľmi skoro podnet zo všeobecného snemu [Florentského 1439] dosiahol Karpaty a po prekonaní určitých počiatočných ťažkostí sa stal praktickou skutočnosťou v Užhorodskej únii. Zasiate do úrodnej mukačevskej pôdy, bolo to horčičné semeno z Evanjelia, ktoré časom vyrástlo na strom, pod ktorého tieňom sa zhromaždili nesmierne zástupy veriacich byzantskej tradície. Berúc na vedomie túto skutočnosť, zriadil 19. septembra 1771 pápež Klement XIV. apoštolskou konštitúciou Eximia Regalium Principum, gréckokatolícku eparchiu v Mukačeve, ktorej sídlo bolo o pár rokov neskoršie prenesené do blízkeho Užhorodu.”
Počas predchádzajúcich storočí boli východní biskupi podriadení jágerskému biskupovi. Cesta k cirkevnej nezávislosti a uznaniu bola veľmi neľahkou a tŕnistou. Pápež Ján Pavol II. vo svojom liste opísal problémy, východných veriacich po podpísaní Užhorodskej únie v roku 1646: “Udalosti, ktoré nasledovali po únii, boli plné utrpenia a žiaľu. Napriek tomu eparchia, ktorá bola v počiatkoch posilnená prácou biskupa Juraja J. Bizanciho, neskôr zažila výrazný pokrok v období, ktoré započal veľký biskup Andrej Bačinský.”
V apoštolskej konštitúcii Eximia Regalium Principum pápež Klement XIV. uvádza: “My, po dôkladnom zvážení žiadosti Márie Terézie, apoštolskej kráľovnej, mysliac na to, ako Pán obdaril osobitnými milosťami zjednotených Ruténov gréckeho obradu, predvídajúc ich duchovné dobro a spásu ich duší, z vlastnej iniciatívy a v plnej dôvere, v plnosti našej apoštolskej moci vyznačujeme Mukačevo titulom a poctou biskupského mesta a z toho nech sa radujú všetci zjednotení gréckeho obradu – z tejto plnej biskupskej jurisdikcie v meste Mukačeve, ako aj v iných mestách… “
V roku 1815 bola z Mukačevskej eparchie odčlenená Prešovská eparchia. Slovenské farnosti na juhovýchode Slovenska patrili do Mukačevskej eparchie až do konca 2. svetovej vojny.