Ján Eugen Kočiš sa narodil 25. júna 1926 v obci Pozdišovce na Zemplíne. Vo štvrtom ročníku na teologickej fakulte v Prešove ho zasiahli aprílové udalosti roku 1950, keď bola Gréckokatolícka cirkev, verná pápežovi, násilne pripojená k Pravoslávnej cirkvi. Išlo o cielenú politiku štátu, zameranú na oslabenie Katolíckej cirkvi. Týmto aktom sa ďalšie členstvo v Gréckokatolíckej cirkvi stalo nezákonným.
Kočiš odišiel zo seminára a krátko na to bol povolaný na vojenskú službu v Pomocných technických práporov. Na Nový rok 1951 ho počas dovolenky tajne vysvätil za kňaza rožňavský biskup ThDr. Róbert Pobožný. Kočiš bol tak odhodlaný pôsobiť ako tajný kňaz.
Po prepustení z PTP, keď musel vykonávať robotnícke povolanie v pekárni, sa Kočiš venoval aj svojmu skutočnému povolaniu. Takáto činnosť bola podľa príslušného zákona hodnotená ako tzv. marenie štátneho dohľadu nad cirkvami – slobodu tak riskoval nielen Kočiš, ale aj ľudia, ktorým sviatostne slúžil. Od júla 1955 do februára 1958 sa potom musel skrývať. Aj v tomto období naďalej tajne vykonával kňazskú službu.
7. februára 1958 ho zatkli v obci Dúbravka a až do amnestie v roku 1960 bol väznený v bani Tmavý dol v Rtyni v Podkrkonoší, kde ako baník ťažil uhlie. Po prepustení pracoval až do pražskej jari ako zamestnanec plynární. V roku 1969, keď bola obnovená Gréckokatolícka cirkev, bol Kočiš menovaný za ceremoniára a aktuára na prešovskom biskupstve. Zároveň pôsobil aj v niekoľkých farnostiach ako farár.
V roku 1993 bol v Prahe zriadený Apoštolský exarchát pre gréckokatolíkov a Kočiš bol menovaný za jeho kancelára. V roku 2002 mu pápež Ján Pavol II. udelil titul pápežského preláta. O dva roky neskôr bol Kočiš menovaný za pomocného biskupa exarchátu. Ján Eugen Koči zomrel 4. decembra 2019.
Spomienky biskupa Kočiša na obdobie prenasledovania nájdete aj na stránkach českých Pamätí národa na tejto adrese.